南京醫科大學以“國旗下的思政課”作為開展愛國主義教育的重要載體，邀請名醫名師、時代榜樣、先進典型等為學生講述學校師生與黨和國家同向同行，與時代發展、民族復興同頻共振的故事，傳播醫者仁心，彰顯使命擔當。

強化黨建引領，成長導師到身邊講紅色故事。學校為每個班級配備一名成長導師，每學期初，結合每周一的主題升旗儀式，由成長導師擔任主講，為學生講授信仰公開課，并結合學校發展中的紅色故事，加強校史教育，引領學生全面了解學校與祖國共奮進的擔當故事，鼓勵學生明辨、篤行、慎思、博學，以崇高遠大的理想抱負、自律堅毅的道德品質、求實創新的探索精神，不負韶華、不負時代、不負人民。

強化榜樣引領，身邊典型進校園講奮斗擔當。學校將“國旗下的思政課”打造為學生學先進、爭先鋒、樹典型的榜樣公開課。國慶期間，邀請學校“時代楷模”團隊代表講南醫人的使命擔當；“七一”邀請學校“全國優秀共產黨員”代表，為學生講授共產黨人的堅守與信念；“五四”青年節期間，邀請學校“五四”青年獎章獲得者分享扎根祖國沃土，堅守科研一線的奮斗故事。通過身邊榜樣的故事、經歷，教育引領學生勇攀科研高峰,胸懷報國之志，成長為大有可為的新時代南醫人。

強化專業引領，朋輩伙伴走上臺講接力傳承。學校結合醫學生的專業教育，邀請學科領域專家、名醫名師、最美醫務工作者、最美大學生、自強之星等，與學生同站國旗下，通過共讀故事、齊誦詩歌等形式，傳遞青年師生“強國有我”的堅毅、自信，教育青年醫學生強化專業認同、夯實專業知識，投身醫學事業，以奮斗拼搏的姿態，續寫新時代的“南醫故事”，為健康中國、民族復興貢獻青春力量。