南京曉莊學院秉承“教學做合一”育人理念，充分發揮生物科學、食品工程、環境生態等學科交叉優勢，聯合地方政府、農業科技企業及健康食品領域領軍企業，聚焦生物資源開發、生物技術檢測、健康食品加工、環境生態修復的學科集群，致力構建“教育鏈—產業鏈—創新鏈”深度融合的協同育人平臺，培養創新與實踐并重的應用型人才。

聚焦生物資源高值化利用。依托省重點學科、重點實驗室和市工程研究中心，開發“食藥物質資源化”“果蔬冷凍干燥”“花生病害綜合防控”等關鍵核心技術，承擔國家級、省部級等縱向科研項目，授權發明專利30余項，促進我省農業綠色發展。

深化校企協同創新。攜手省內外生物技術和食品科技企業共建產業學院，開展我省典型特色農業中的關鍵生產技術及資源利用研究，引進微生物技術前沿成果，發布國家標準，與50余家企業合作完成橫向項目70項，推動現代農業技術本土化應用。

打造實踐育人共同體。構建“耕讀課堂+企業實踐”育人體系，深入企業開展“沉浸式”學習，孵化“稻麥秸稈生防菌劑”等創新創業項目，師生在“科創江蘇”等賽事中斬獲多個獎項，推動科研成果向田間地頭轉化。

拓展科普服務網絡。依托省級食用菌科普教育基地，開展“科技下鄉”“高素質農民培訓”等活動，累計培訓新型職業農民2000余人次，發放技術手冊超萬份，破解農業生產技術難題。