南京醫科大學以培養具有優秀的崗位勝任能力和創新能力的復合型人才為目標，筑牢臨床醫學和預防醫學兩個“基礎”，聚焦“疾病預防控制能力、突發公共衛生事件應急處置能力、科學思維與實踐創新能力”三種能力，著力培養醫防融合的高層次公共衛生人才。

構建公共衛生課程新體系。學校轉變培養觀念，打造基礎醫學、臨床醫學與預防醫學系列課程群，創建以問題為導向、疾病防控為核心、環境—人群—健康為主線、多學科交叉融合的公共衛生課程新體系。將思政元素融入專業課教學，主編公共衛生課程思政案例集等，獲評國家課程思政示范課和國家課程思政教學名師和教學團隊。

創建公共衛生實踐教學新模式。學校將實驗、實踐、實訓與理論教學緊密結合，建成數字化實驗教學中心、虛擬仿真實訓中心、公共衛生實訓中心等實踐教學平臺，構建了以崗位勝任能力為核心的實踐教學體系。舉辦全國公共衛生實踐技能大賽，創建公共衛生綜合技能競賽體系，2020年被納入國家醫學技術技能大賽賽道，推動全國公共衛生人才實踐能力培養。

實施學生創新能力提升計劃。學校依托生殖醫學國家重點實驗室，組建國重創新班，著力培養具備較高的綜合素質、全面的醫學科學理論和扎實的生命科學研究技能的創新型公共衛生專門人才。設立“公衛創新港”，搭建學生創新能力培養平臺。

打造青年教師培優工程。學校對公共衛生青年教師分階段列入“公共衛生教學新人”“公共衛生教學苗子”“公共衛生教學能手”“公共衛生優秀青年教師”等系列培養計劃，采用三年一個臺階，序貫式培養，階梯式提升，教學相長，著力打造一支優秀的青年教師隊伍。