江蘇16所高校作為主要完成單位共榮獲國家科學技術獎通用項目28項（其中主持15項），占全國高校通用項目獲獎總數的15.7%，獲獎數量位居全國省市區第二。

全省高校獲2016年國家自然科學獎4項，占全國高校自然科學獎獲獎數的12.5%。其中南京大學、東南大學作為第一完成單位各榮獲自然科學二等獎一項。

全省高校獲2016年國家技術發明獎通用項目8項，占全國高校技術發明獎通用項目獲獎數的19.5%。其中南京大學、東南大學、南京航空航天大學、南京理工大學、河海大學作為第一完成單位各榮獲技術發明二等獎一項。

全省高校獲2016年國家科學技術進步獎通用項目16項，占全國高校科學技術進步獎通用項目獲獎數的15.2%。其中河海大學作為第一完成單位榮獲科技進步一等獎一項，南京大學作為第一完成單位榮獲科技進步二等獎兩項，東南大學、中國藥科大學、南京林業大學、中國礦業大學、蘇州大學作為第一完成單位各榮獲科技進步二等獎一項。